UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DEL ESTADO DE HIDALGO
Instituto de Ciencias Agropecuarias
GENÓMICA Y BIOINFORMÁTICA
Práctica 3: Alineamiento de secuencias de ADN y Proteínas.
Cisneros Reyes Daniel
Lopez Monrroy Alam Ocelotl
fecha de entrega 24 marzo 2026
Introducción
El alineamiento de secuencias es una de las herramientas fundamentales en bioinformática,
ya que permite comparar dos o más secuencias de ADN, ARN o proteínas para determinar
su identidad y similitud, lo que a su vez proporciona información valiosa sobre relaciones
funcionales, estructurales y evolutivas entre genes o proteínas (National Center for
Biotechnology Information, 2023). Esta técnica consiste en ordenar las secuencias de
manera que se maximicen las coincidencias entre residuos equivalentes, revelando
regiones conservadas que suelen estar asociadas a funciones biológicas importantes.
Existen diferentes enfoques para realizar alineamientos. El alineamiento global busca
alinear la totalidad de las secuencias a lo largo de su longitud, siendo ideal para secuencias
con alto grado de homología. En contraste, el alineamiento local se enfoca en identificar
regiones de similitud parcial, lo que resulta útil para secuencias divergentes o para predecir
la función de secuencias desconocidas mediante la detección de dominios conservados
(National Center for Biotechnology Information, 2015). Por otro lado, el alineamiento múltiple
permite comparar simultáneamente tres o más secuencias, facilitando la identificación de
familias proteicas y el estudio de sus relaciones evolutivas .
Entre las herramientas disponibles, BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) destaca
como la más utilizada para la anotación funcional de genes y proteínas. Este software
emplea algoritmos de alineamiento local para comparar una secuencia de consulta (query)
contra vastas bases de datos de secuencias (subject), permitiendo identificar genes
homólogos y diferenciar entre ortólogos (genes con función similar derivados de
especiación) y parálogos (genes derivados de duplicación que pueden haber adquirido
funciones diferentes) (National Center for Biotechnology Information, 2017). Las
aplicaciones de BLAST son amplias y abarcan campos como la genómica, la proteómica, la
biología evolutiva, la identificación de dianas farmacológicas, el análisis forense y el diseño
de cebadores para técnicas moleculares .
La presente práctica tiene como objetivo que el alumno se familiarice con el uso de BLAST
para realizar alineamientos de secuencias de ADN y proteínas, comprendiendo los
parámetros de búsqueda, interpretando los resultados obtenidos y analizando la
significancia de las similitudes encontradas para inferir relaciones de homología y relevancia
funcional.
Objetivo General
El estudiante llevará a cabo comparaciones de secuencias de ADN y proteínas
mediante el uso de la plataforma BLAST.
Objetivos Específicos
● El estudiante navegará en la interfaz de BLAST y reconocerá las diversas
configuraciones y criterios disponibles para efectuar comparaciones de
secuencias nucleotídicas y proteicas.
● El estudiante aplicará BLAST para comparar secuencias de ADN y valorará el
nivel de significancia de las coincidencias encontradas.
● El estudiante hará uso de BLAST para comparar secuencias de proteínas y
entenderá cómo dichas comparaciones pueden identificar dominios
funcionales y zonas de importancia en las proteínas analizadas.
● El estudiante interpretará los resultados obtenidos para deducir relaciones de
homología entre las secuencias estudiadas y determinar su importancia en el
ámbito científico.
Desarrollo de la práctica
Nos dirigimos a la página del NCBI
fig. 1 Pagina de NCBI y nos dirigimos a la herramienta BLAST
Dimos clic en BLAST para nucleotidos
fig. 2 visualización de la página BLAST
Cargamos el gen de interés que descargamos previamente en formato FASTA
fig. 3 carga del gen en formato FASTA
Posteriormente se seleccionaron los parámetros de búsqueda con respecto a nuestro
interés en la sección de Choose Search Set para poder seleccionar los tipos de bases de
datos en los que se realizó la búsqueda, el tipo de organismo, etc.
fig. 4 selección de parámetros de búsqueda
Nos desplazamos a la parte inferior de la pagina en la cual seleccionamos el botón de
BLAST para comenzar el alineamiento, una vez que termino el alineamiento encontramos
una descripción de los resultados del alineamiento en la cual se pueden mostrar cada una
de las coincidencias, de igual manera se pueden observar los hits enlistados según la
puntuación de coincidencia entre la secuencia y las bases de datos.
fig. 5 resultados de los alineamientos
Seleccionamos el apartado de resumen gráfico para poder observar la distribución de los
hits coincidentes con el gen cargado y de igual manera se puede visualizar el grado de
coincidencia que existe en cada secuencia identificada por el BLAST que en este caso las
puntuaciones de alineación son mayores de 200 en cada secuencia.
fig. 6 resumen grafico de BLAST
Posteriormente seleccionamos el primero de los hits para obtener la información detallada
del alineamiento donde encontramos la información acerca del grado de identidad.
fig. 7 Alineamiento de la secuencia
Para el apartado de proteinas es muy similar la forma de busqueda, obtuvimos previamente
una secuencia de proteina en formato FASTA y entramos en el apartado de BLAST para
proteinas y cargamos el archivo en formato FASTA
fig. 8 Carga de proteína en formato FASTA.
En el apartado de formato de busqueda seleccionamos el tipo de microorganismo
fig. 9 selección del tipo de microorganismo
Posteriormente seleccionamos en el botón BLAST que también nos mostró una descripción
de los hits del alineamiento además del porcentaje de cobertura y de identidad.
fig. 10 resultado de los alineamientos
Posteriormente nos dirigimos al resumen gráfico donde nos mostró una visita general de los
clusters de la base de datos alineados con respecto a la secuencia consultada.
fig. 11 resumen gráfico de BLAST.
Posteriormente seleccionamos una de las secuencias para obtener su informacion mas
detallada, en esta ocasión seleccionamos la secuencia con el valor de E mas pequeña ya
que esta muestra una mayor coincidencia y en este caso muestra una coincidencia del
100%
fig. 12 alineamiento de la secuencia.
Conclusión
En esta práctica se aplicaron herramientas fundamentales de la bioinformática estructural
para el análisis de secuencias biológicas. Se utilizó la plataforma NCBI BLAST para realizar
búsquedas de similitud tanto en bases de datos de nucleótidos como de proteínas,
permitiendo identificar secuencias homólogas y evaluar su grado de identidad mediante
parámetros como el puntaje de alineamiento y el valor E.
Los resultados obtenidos demostraron la utilidad de BLAST como una herramienta eficaz
para la comparación de secuencias, destacando la importancia de seleccionar
adecuadamente los parámetros de búsqueda según el tipo de organismo y la base de datos
de interés. En particular, se observó que las secuencias con valores E más bajos
presentaron mayores porcentajes de identidad, lo que facilita la identificación de secuencias
con alta similitud evolutiva o funcional.
Aunque el documento se enfoca principalmente en el uso de BLAST, se subraya la
relevancia de complementar estos análisis con visualizadores moleculares como UCSF
ChimeraX, que permiten explorar la estructura tridimensional de las proteínas y comprender
la relación entre secuencia, estructura y función. En conjunto, las actividades realizadas
proporcionan una base sólida para futuros estudios en áreas como biología estructural,
ingeniería de proteínas y diseño de fármacos.
Cuestionario
1. ¿Qué información se obtiene al realizar un alineamiento múltiple?
● Identifica regiones conservadas, permite inferir relaciones evolutivas y detecta
dominios funcionales o motivos estructurales compartidos entre varias secuencias.
2. ¿Qué otros softwares existen para alineamiento y en qué se diferencian de BLAST?
● Otros: Clustal Omega, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, Needleman-Wunsch.
● Diferencia: BLAST es un alineamiento local por pares y un buscador rápido contra
grandes bases de datos. Los otros son principalmente para alineamiento múltiple (3
o más secuencias) y buscan mayor precisión, no velocidad.
3. Si una secuencia es homóloga, ¿también es análoga?
● No. Homología = origen evolutivo común. Analogía = función similar pero sin
ancestro común. Son conceptos mutuamente excluyentes.
4. Utilizando BLAST, ¿a qué familia pertenecen la lactasa y la histidina?
● No pertenecen a la misma familia. La lactasa pertenece a la familia de las glicosil
hidrolasas. La "histidina" (probablemente refiriéndose a histidina fosfatasa o quinasa)
pertenece a familias diferentes como fosfatasas ácidas o histidina quinasas.
5. ¿Cuál es la diferencia entre similitud e identidad en nucleótidos y proteínas?
● Identidad: Coincidencia exacta de residuos.
● Similitud: En nucleótidos es casi igual a identidad. En proteínas incluye además
cambios entre aminoácidos con propiedades fisicoquímicas similares (cambios
conservadores).
6. ¿Cuáles son los métodos de alineamiento y en qué consisten?
● Por tipo:
Global: Alinea toda la longitud de las secuencias (ej. Needleman-Wunsch).
Local: Alinea solo regiones similares (ej. Smith-Waterman, BLAST).
● Por estrategia:
Exactos (programación dinámica): Óptimos pero lentos.
Heurísticos (BLAST): Rápidos, no garantizan el óptimo.
7. ¿Qué significan query y subject en BLAST?
● Query: Secuencia de consulta que el usuario introduce.
● Subject: Secuencia objetivo de la base de datos contra la que se compara.
Referencias
National Center for Biotechnology Information. (2015). Nucleotide BLAST: Search
nucleotide databases using a nucleotide query.
[Link]
ch&LINK_LOC=blasthome
National Center for Biotechnology Information. (2017). Protein BLAST: Search
protein databases using a protein query.
[Link]
ch&LINK_LOC=blasthome
National Center for Biotechnology Information. (2023). BLAST: Basic Local
Alignment Search Tool. [Link]
National Center for Biotechnology Information. (2023). Home page.
[Link]