Artículo Original
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RESUMEN
Objetivos. Determinar la frecuencia de las diez mutaciones más comúnmente reportadas en América Latina del gen
CFTR mediante Sistema de Mutación Refractario a la amplificación por PCR (ARMS-PCR) en los pacientes con fibrosis
quística (FQ) de dos instituciones hospitalarias de referencia en el Perú durante el año 2014. Materiales y métodos. Se
evaluó la frecuencia de las diez comúnmente reportadas más comúnmente reportadas del gen CFTR en los pacientes
del Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins y el Instituto Nacional de Salud del Niño, ambos ubicados en Lima,
Perú. Se recogieron muestras de sangre de 36 pacientes con FQ y se utilizó la técnica de ARMS-PCR para determinar
la presencia de tales mutaciones. Resultados. Se incluyó al 73,5% de los pacientes con diagnóstico conocido de FQ
en el país al momento en que se realizó el estudio. El diagnóstico por ARMS-PCR permitió identificar las mutaciones
en 30,6% de los alelos de los pacientes con FQ, el 64,9% de los alelos mutados no fue identificado. Las mutaciones
encontradas fueron p.Phe508del (22,2%), p.Gly542* (6,9%) y p.Arg1162* (1,4%). Conclusiones. Existe una variabilidad
significativa de las mutaciones presentes en nuestra población de estudio en comparación con lo reportado en otros
países de Latinoamérica, tanto en la frecuencia como en el tipo. Es necesario realizar estudios que usen la tecnología
de secuenciación completa del gen CFTR para identificar otras mutaciones presentes en nuestra población.
Palabras clave: Fibrosis quística; Mutación; Diagnóstico, Perú (fuente: DeCS BIREME).
ABSTRACT
Objectives. To determine the frequency of the ten most common mutations of the CFTR gene reported in Latin America
using amplification-refractory mutation system–polymerase chain reaction (ARMS-PCR) in patients with cystic fibrosis
(CF) in two referral hospitals in Peru during the year 2014. Materials and Methods. The frequency of the ten most
common mutations of the CFTR gene was assessed in patients of the Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins and
the Instituto Nacional de Salud del Niño, both located in Lima, Peru. Blood samples were collected from 36 patients with
CF, and the ARMS-PCR technique was used to determine the presence of these mutations. Results. The study group
included 73.5% of patients with a known diagnosis of CF in the country when the study was carried out. ARMS-PCR
allowed three of the mutations to be identified in a combined 30.6% of the alleles from patients with CF, and 64.9% of the
mutated alleles were not identified. The mutations found were p.Phe508del (22,2%), p.Gly542* (6,9%), and p.Arg1162*
(1,4%). Conclusions. There is significant variability in both the frequency and type of mutations present in our study
population and in what has been reported in other Latin American countries. It is necessary to perform studies that use
complete sequencing technology for the CFTR gene to identify other mutations present in our population.
Keywords: Cystic Fibrosis; Mutation; Diagnosis, Peru (source: MeSH NLM).
1
Universidad Nacional de Tumbes. Tumbes, Perú.
2
Empresa de Investigación y Capacitación en Biotecnología Inca’Biotec. Tumbes, Perú.
3
Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins. Lima, Perú.
4
Instituto Nacional de Salud del Niño. Lima, Perú.
5
Asociación de Padres de Niños con Fibrosis Quística. Lima, Perú.
a
Biólogo, b pediatra, c genetista, d gastroenterólogo, e médico genetista, f obstetra, g patólogo clínico, h magister en Biotecnología Molecular, i magíster en
Ciencias de la Vida y de la Tierra
Recibido: 08/09/2016 Aprobado: 08/02/2017 En línea: 23/03/2017
Citar como: Aquino R, Protzel A, Rivera J, Abarca H, Dueñas M, Nestarez C, et al. Frecuencia de las mutaciones más comunes del gen CFTR en pacientes
peruanos con fibrosis quística mediante la técnica ARMS-PCR. Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2017;34(1):62-9. doi: 10.17843/rpmesp.2017.341.2767
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Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2017;34(1):62-9. Frecuencia de mutaciones del gen CFRT en pacientes peruanos
Los orígenes de las mutaciones del CFTR son Se realizó un estudio observacional transversal de
específicos a ciertas zonas geográficas; algunas tipo descriptivo. La población estuvo compuesta por
pueden ser restringidas a ciertos países, regiones e pacientes con FQ registrados en los dos hospitales
incluso familias (3). Las mutaciones encontradas entre especializados de Lima que atienden a la mayoría
los diferentes países de Latinoamérica reflejan la gran de pacientes con FQ, el Hospital Nacional Edgardo
heterogeneidad genética de sus habitantes (4) y son Rebagliati Martins (HNERM), perteneciente al Seguro
probablemente heredadas de los flujos migratorios Social del Perú y el Instituto Nacional de Salud del Niño
que ocurrieron en los últimos siglos (5). La población (INSN), del Ministerio de Salud; invitados a través de la
peruana es el producto del mestizaje entre amerindios, Asociación Peruana de FQ (FIQUI-Perú). Los pacientes
españoles, africanos y asiáticos; por lo que se espera habían sido previamente diagnosticados mediante
que existan variaciones importantes dentro del país y de la prueba de sudor y no contaban con diagnóstico
una región a otra en relación al componente étnico que molecular. El estudio se realizó durante el año 2014.
predomine en cada zona. El muestreo fue por conveniencia debido a la baja
prevalencia de la enfermedad.
El tipo de mutaciones presente en ambos alelos del
gen CFTR influye en la severidad del disfuncionamiento CRITERIOS DE SELECCIÓN
del canal de transporte del CFTR. Dicha variabilidad
conduce a un cuadro clínico de expresión variable, por Los criterios de inclusión fueron: haber sido atendido en
lo que la tipificación del perfil genético de cada paciente las dos instituciones previamente detalladas (HNERM
es fundamental para elegir las opciones terapéuticas, y INSN) durante el año 2014 y tener el diagnóstico de
establecer el pronóstico y brindar la asesoría genética. FQ con dos pruebas positivas de sudor de sudor ( >
60 mEq/L). Se excluyeron aquellos pacientes que no
En Latinoamérica, el subdiagnóstico de FQ ocurre a desearon participar en el estudio o se negaban a firmar
causa de la falta de sospecha clínica y/o elementos el consentimiento informado.
adecuados para el diagnóstico (6). En el Perú, la FQ es
una enfermedad infradiagnosticada y con limitaciones ANÁLISIS MOLECULAR
de acceso a exámenes de diagnóstico como la prueba
de sudor y estudios moleculares; así como el tamizaje Se recogió una muestra de sangre periférica de cada
neonatal con la prueba de tripsina inmunoreactiva (IRT) paciente; posteriormente, las muestras fueron enviadas
que se realiza sistemáticamente en países del hemisferio al Laboratorio de Biotecnología molecular de la Empresa
norte (7). Además, no existen estudios de prevalencia de Investigación y Capacitación en Biotecnología
ni de caracterización genética de la enfermedad. No Inca’Biotec/Universidad Nacional de Tumbes. A cada
obstante, según los datos estadísticos existentes para muestra se les realizó una extracción de ADN de las
América Latina, en el Perú estarían naciendo de 60 a células blancas de la sangre, de acuerdo a protocolos
120 niños con FQ cada año (7). ya probados (10). La calidad y concentración del ADN
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Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2017;34(1):62-9. Aquino R et al.
obtenido fue evaluada mediante espectrofotometría de durante 30 s, con una etapa de extensión final a 72 ⁰C
luz ultravioleta con el biofotómetro (Eppendorf®). durante 10 min.
El ADN aislado de cada paciente fue amplificado con Para el diagnóstico de la mutación p.Arg1162*, se
la técnica de Reacción en cadena polimerasa de prepararon dos mezclas. Ambas contenían 200 μM de
sistema de mutación refractario a la amplificación dNTPs, 3 mM de MgCl2, 1X de buffer para PCR, 1,25 U/
(ARMS-PCR) para identificar las diez mutaciones más µL de taq ADN polimerasa Platinum®. Adicionalmente,
comunes: p.Phe508del, c.489+1G>T, p.Gly551Asp, en la primera mezcla se incluyeron cebadores para:
p.Asn1303Lys, p.Gly542*, p.Lys1177Serfs*15, c.1585- p.Arg1162* (común: 10 μM; normal: 10 μM) y 100 ng/
1G>A, p.Trp1282*, p.Arg553*, p.Arg1162*, usando el kit μL de ADN; en la segunda mezcla cebadores para:
de ADN Platinum® de Invitrogen, a partir de protocolos p.Arg1162* (común: 10 μM; mutado: 10 μM) y 100 ng/μL
modificados de las referencias (11, 12). de ADN. El volumen final de cada una fue de 20 µL. Las
condiciones térmicas fueron desnaturalización inicial a
94 ⁰C durante 5 min (un ciclo), seguido de 35 ciclos de
Para las mutaciones p.Phe508del, c.489+1G>T,
amplificación, desnaturalización a 95 ⁰C durante 1 min,
p.Asn1303Lys, p.Gly551Asp y p.Gly542*, se
hibridación durante 30 s (a 63 °C para la primera mezcla
desarrollaron cuatro mezclas. En cada una de las
y a 60 °C para la segunda mezcla), y extensión a 72 ⁰C
mezclas se incluyeron 86 μM de dNTPs, 1,5 mM de
durante 30 s, con una etapa de extensión final a 72 ⁰C
MgCl2, 1X de buffer para PCR y 1 U/µL de taq ADN
durante 10 min.
polimerasa. Adicionalmente, en la primera mezcla se
agregaron cebadores para: p.Phe508del (normal: 1,5 Para la mutación p.Arg553*, se realizó el protocolo de
μM; común: 0,5 μM), c.489+1G>T (normal: 0,5 μM, Single ARMS-PCR en dos mezclas. Ambas contenían 86
común: 0,5), p.Asn1303Lys (normal: 2 μM; común: μM de dNTPs, 1,5 mM de MgCl2, 1X de buffer de PCR,
2 μM) y 100 ng/μL de ADN; en la segunda mezcla 1 U/µL de taq ADN polimerasa Platinum®. Además,
cebadores para: p.Phe508del (mutado: 2 μM; común: en la primera mezcla se agregaron cebadores para:
2 μM), c.489+1G>T (mutado: 0,25 μM; común: 0,25 p.Arg553* (común: 0,86 μM; normal: 0,86 μM), AAT1
μM), p.Asn1303Lys (mutado: 1 μM; común: 1 μM) y (0,86 μM), AAT2 (0,86 μM) y 100 ng/μL de ADN; en la
100 ng/μL de ADN; en la tercera mezcla cebadores segunda mezcla cebadores para: p.Arg553* (común:
para: p.Gly551Asp (mutado: 0,5 μM; común: 0,5 μM), 0,86 μM; mutado: 0,86 μM), AAT1 (0,86 μM), AAT2 (0,86
p.Gly542* (mutado: 0,5 μM) y 100 ng/μL de ADN; y en μM) y 100 ng/μL de ADN. El volumen final de cada una
la cuarta mezcla cebadores para: G551D (normal: 0,25 fue de 20 µL. Las condiciones térmicas de amplificación
μM; común: 0,5 μM), G542X (normal: 0,25 μM) y 100 para ambas mezclas fueron desnaturalización inicial a
ng/μL de ADN. Las cuatro mezclas tuvieron un volumen 95 ⁰C durante 5 min (un ciclo), seguido de 35 ciclos de
final de 20 μL cada una. La amplificación se realizó en amplificación, desnaturalización a 94 ⁰C durante 2 min,
un termociclador (Biometra - USA), las condiciones hibridación a 60 ⁰C durante 2 min, y extensión a 72 ⁰C
térmicas fueron desnaturalización inicial a 94 ⁰C durante durante 2 min, con una etapa de extensión final a 72 ⁰C
2 min (un ciclo), seguido de 35 ciclos de amplificación, durante 10 min.
desnaturalización a 94 ⁰C durante 30 s, hibridación a
61⁰C durante 30 s, y extensión a 72 ⁰C durante 30 s, También se desarrolló el protocolo de Single ARMS-
con una etapa de extensión final a 72 ⁰C durante 10 min. PCR para la mutación p.Trp1282*, este se realizó en
dos mezclas. Ambas contenían 86 μM de dNTPs, 1,5
Para las mutaciones p.Lys1177Serfs*15, c.1585-1G>A mM de MgCl2, 1X de buffer para PCR, 1 U/µL de taq
ADN polimerasa Platinum®. En la primera mezcla se
se realizaron dos mezclas. Ambas incluyeron 200 μM de
incluyeron cebadores para: p.Trp1282* (común: 0,86
dNTPs, 1,5 mM de MgCl2, 1X de buffer para PCR y 1 U/
μM; normal: 0,86 μM), AAT3 (0,86 μM), AAT4 (0.86 μM)
µL de taq ADN polimerasa Platinum®. Adicionalmente,
y 100 ng/μL de ADN; la segunda muestra cebadores
en la primera mezcla se incluyeron cebadores para:
para: p.Trp1282* (común: 0,86; mutado: 0,86 μM), AAT3
p.Lys1177Serfs*15 (normal: 2 μM; común: 2 μM),
(0,86 μM), AAT4 (0,86 μM) y 100 ng/μL de ADN. Ambas
c.1585-1G>A (mutado: 1,5 μM; común: 1,5 μM) y 100 mezclas se llevaron a cabo en un volumen final de 20 μL.
ng/μL de ADN; en la segunda mezcla cebadores para: Las condiciones térmicas de amplificación para ambas
p.Lys1177Serfs*15 (mutado: 1,5 μM de; común: 1,5 μM), mezclas fueron desnaturalización inicial a 95 ⁰C durante
c.1585-1G>A (normal: 0,5 μM; común: 1,5 μM) y 100 ng/ 5 min (un ciclo), seguido de 35 ciclos de amplificación,
μL de ADN. El volumen final de cada una fue 20 μL. Las desnaturalización a 94 °C durante 45 s, hibridación a 60 ⁰C
condiciones térmicas fueron desnaturalización inicial a durante 45 s, y extensión a 72 ⁰C durante 45 s, con una
94⁰C durante 2 min (un ciclo), seguido de 35 ciclos de etapa de extensión final a 72 ⁰C durante 10 min. Las
amplificación, desnaturalización a 94 ⁰C durante 30 s, secuencias de los cebadores utilizados se presentan en
hibridación a 65 ⁰C durante 30 s, y extensión a 72⁰C la Tabla 1.
64
Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2017;34(1):62-9. Frecuencia de mutaciones del gen CFRT en pacientes peruanos
Tabla 1. Secuencias de cebadores usados para la detección de mutaciones mediante la técnica ARMS-PCR.
Los productos de amplificación se separaron por evidenciados por el número de pares de base (pb) y se
electroforesis horizontal en gel de agarosa al 2% en compararon con controles positivos, obtenidos de Francia
una cámara electroforética (Cleaver scientific, Reino (p.Phe508del, p.Gly551Asp, p.Gly542*, p.Asn1303Lys);
Unido) y se observaron en un transiluminador (Vilber y controles internos AAT ALFA correspondientes al gen
lourmat, Francia). Los alelos normales y mutados fueron antitripsina (13), estos permitieron validar el diagnóstico.
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Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2017;34(1):62-9. Aquino R et al.
Los tamaños de los amplicones obtenidos fueron Tabla 2. Frecuencia alélica relativa de las mutaciones
estimados gracias al uso de marcador de peso molecular encontradas en los pacientes peruanos con FQ
(MPM) de 100 pb obtenidos de Promega.
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Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2017;34(1):62-9. Frecuencia de mutaciones del gen CFRT en pacientes peruanos
La mutación p.Phe508del, la más representativa a nivel presentes como un alelo único. La mayor frecuencia del
mundial (2), fue también la más común en nuestro estudio alelo p.Phe508del en comparación a nuestro estudio
(22.2%); sin embargo, al compararla con otros países, probablemente ocurra debido al pequeño tamaño de
la frecuencia fue inferior al promedio latinoamericano pacientes incluidos en este subgrupo y porque tres de
(46,7%) o a países como Argentina (59,2%), Uruguay estos pacientes eran hermanos, por lo tanto tenían las
(56,6%), Brasil (43,1%), Chile (39,3%), Cuba (34,0%) mismas mutaciones. Esta información no publicada
y Ecuador (31,4%), aunque fue ligeramente superior a en otra serie se suma a nuestros resultados, y ambos
Costa Rica (22,9%) (7). resaltan la heterogeneidad racial del país y confirmarían
la hipótesis de que existen mutaciones poco comunes
La mutación p.Gly542* fue la segunda mutación más en nuestra población.
frecuente. Esta mutación se encuentra en el exón 11 del
gen CFTR y pertenece a la clase de mutaciones I. Es la La identificación de las mutaciones presentes en los alelos
segunda más difundida en el mundo, se encuentra con del CFTR es de suma importancia para los pacientes, no
una prevalencia más o menos constante y presenta una solamente porque son confirmativas de la enfermedad
baja varianza entre poblaciones (14). Su presencia en la sino también porque diferentes moléculas farmacéuticas
población peruana se explicaría por la fuerte inmigración han demostrado poder corregir completamente o
española que recibieron los países latinoamericanos. atenuar los signos clínicos de la enfermedad, pero
En nuestro estudio, esta mutación tuvo una frecuencia de forma específica a ciertas mutaciones (17, 18). Estos
(6,9%) más alta en comparación con Argentina (4,9%) moduladores del CFTR incluyen potenciadores como el
o Ecuador (2%), similar a Brasil (5,3%) y Chile (5,6%), Ivacaftor VX-770 (nombre comercial: Kalydeco®) para
e inferior respecto a Uruguay (7,9%) o Costa Rica, país pacientes con la mutación G551D, que incrementa el
que presenta una frecuencia de 25% (7). tráfico del cloruro por el canal del CFTR (mutaciones
de clase III) (19); correctores como el Lumacaftor VX-809
La mutación p.Arg1162* fue la tercera mutación hallada para pacientes con mutación p.Phe508del en forma
en nuestro estudio (un alelo; 1,4%) y su frecuencia homocigota, que mejora el plegamiento y el tráfico
fue mayor si se compara con países de Latinoamérica de la proteína CFTR anormal (mutaciones clase II) y
(0,01%); sin embargo, esta prevalencia podría ser que actualmente es comercializado como Orkambi®
sobreestimada debido al tamaño relativamente reducido (lumacaftor + ivacaftor) (20); y otras moléculas como
de la población estudiada, además que esta mutación el Ataluren, el cual está siendo evaluado en ensayos
solo fue encontrada en un paciente heterocigoto (Tabla 3). clínicos (nivel III), que corregiría las mutaciones que
La combinación de un alelo mutado de tipo p.Arg1162* generan la aparición de un codón stop prematuro como
con otro de tipo p.Phe508del conduce a varios síntomas la p.Arg1162* (mutaciones de clase I) (21,22) .
severos que incluyen la afección hepática; p.Arg1162*
es una mutación sin sentido, muy común en el noreste Este estudio permitió resaltar que las frecuencias de
de Italia (15). las mutaciones evaluadas fueron relativamente bajas y
que probablemente fueron adquiridas de descendientes
No pudimos detectar las mutaciones causantes de europeos. Se requiere de otros estudios que permitan
FQ en el 58,3% de los pacientes analizados. Esto se evaluar una mayor cantidad de mutaciones usando kits
debió a que solo evaluamos las diez mutaciones más de ARMS-PCR que son comercialmente disponibles
comunes en Latinoamérica y usamos un kit casero de en otros países. No obstante, si analizamos las bajas
ARMS-PCR. Es posible que los pacientes peruanos coberturas que estos kits presentan para la población
sean portadores de varias mutaciones y tengan una sudamericana, existe una clara necesidad de ampliar
heterogeneidad genética alta tal como se ha mostrado herramientas de secuenciamiento de ADN de próxima
en otros países latinoamericanos (16). generación (en inglés: Next Generation Sequencing)
(23)
para aumentar las tasas de detección. Por otra
Como dato adicional, se identificaron a once parte, las herramientas de secuenciación directa del
pacientes que ya tenían diagnóstico genético y cuyos CFTR y la búsqueda de reordenamientos genómicos
resultados fueron colectados mediante encuestas permitirán detectar posibles mutaciones prevalentes a
directas realizadas por la asociación FIQUI Perú (9). nivel regional y mutaciones raras (privados) que no se
De esta población todos los pacientes mostraron encuentran con las pruebas de mutaciones específicas
ser heterocigotos compuestos, siendo la mutación propuestas por los kits de ARMS-PCR (24,25).
p.Phe508del la más frecuente (31,8%; 7/22). Asimismo,
en el mismo grupo se identificaron mutaciones Nuestro estudio servirá como base para el
raras como p.Arg1162*, p.Gln220*, p.Gly551Asp, establecimiento de futuras iniciativas de prevención que
p.Phe57Leu, c.1116+2T>C, c.2657+5G>A, p.Arg334Trp, permitan el tamizaje de las mutaciones más frecuentes
p.Lys684Serfs*38, p.Arg347Pro y p.Lys1177Serfs*15, en la población general con el fin de identificar a
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Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2017;34(1):62-9. Aquino R et al.
eventuales portadores (hermanos, primos, etc.), futuros pruebas de sudor y equipos de diagnóstico molecular
esposos, o permitir la fertilización in vitro con selección capaces de realizar pruebas genéticas de escaneo del
de embriones sanos en el caso de parejas portadoras. gen CFTR.
En conjunto, la implementación en el país de herramientas Contribuciones de autoría: RAO, AP; JR, HA, MD, CN, NP,
BD contribuyeron con la concepción del artículo, redacción del
de diagnóstico molecular permitiría la confirmación del
artículo y obtención del financiamiento. RAO, AP; JR, HA, MD,
diagnóstico, garantizaría un asesoramiento genético CN, NP contribuyeron con la recolección de los datos. RAO
adecuado y lograría que los pacientes portadores de y BD realizaron el análisis de los datos. Todos aprobaron la
ciertas mutaciones puedan acceder a tratamientos versión final del manuscrito.
curativos o paliativos que mejoren su calidad de vida (26).
Para luchar contra la FQ de forma más eficaz y mejorar Fuentes de financiamiento: este trabajo fue financiado por los
la esperanza de vida de los pacientes peruanos, el país recursos del canon y sobrecanon entregados a la Universidad
Nacional de Tumbes.
debería implementar una estrategia de diagnóstico
sistemático con pruebas de tamizaje neonatal por IRT y Conflicto de intereses: los autores declaran no tener ningún
establecer laboratorios de diagnóstico confirmativo por conflicto de interés.
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