ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA

HIDROLASA 2W22
a
Natalia Rodriguez Cruz, bJohn Morales, c Alejandro Pimienta
a
[Link]@[Link],[Link]@[Link],
c
[Link]@[Link]
Departamento de Química, Facultad de Ciencias Naturales y Exactas,
Universidad del Valle

02 de marzo del 2025

I.​ Abstract

The 2W22 protein data were obtained from the protein database (PDB) and then illustrated in the PyMOL program,
the study identified the secondary conformations of the protein, the catalytic triad, the cofactors present such as
metals, Triton X-100 (EGC), 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) and water (H2O); additionally, the intermolecular
interactions present in the alpha helices and beta sheet present were understood and the bond distances and bond
angles were known. The study allowed to understand the effect of the interactions of the different groups present in
the proteins and how they directly affect the conformations and structure of the proteins.

II.​ Graphical Abstract.

III.​ Datos, cálculos y resultados

➢​ Representación gráfica.

La estructura secundaria de la proteína 2W22 se

visualizó mediante el software PyMOL. Inicialmente,
se generaron dos representaciones: una en presencia de (a)​ (b)
moléculas de agua (Figura 1.a) y otra en ausencia de Figura 1. Representación de las estructuras
estas (Figura 1.b). secundarias de la proteína 2W22.

1
Posteriormente, se determinó la posición espacial del
nitrógeno N-terminal, resaltado en color naranja, y el
carbono C-terminal, resaltado de color violeta.
Asimismo, se identificaron los residuos que conforman
la tríada catalítica, conformada por S-114 (rojo), H-359
(amarillo) y D-318 (azul), Figura 2.

Figura 4. Metales calcio (Ca2+) y zinc (Zn2+) de la

proteína 2W22.

➢​ Clasificación de aminoácidos.

Los diferentes aminoácidos se representaron como

superficies de color sobre la estructura secundaria de la
proteína y se clasificaron según su carga, polaridad y
Figura 2. Tríada catalítica y residuos terminales en la cadena lateral.
proteína 2W22.
Inicialmente, se presentaron los aminoácidos con carga
Por otro lado, se identificaron los ligandos. En este positiva en color rojo, mientras que los cargados
caso, se observaron dos moléculas de EGC (Tritón negativamente se representaron en color azul, como se
X-100) localizadas en el sitio activo de la proteína, ilustra en la Figura 5.
junto con el diol MPD (2-metil-2,4-pentanodiol), que
se encuentra localizado en la superficie de la proteína.
Ambas moléculas se representan con color cian en la
Figura 3.

Figura 5. Aminoácidos catiónicos y aniónicos.

De manera similar, se representaron los aminoácidos

neutros polares en color amarillo, como se ilustra en la
Figura 6.

Figura 3. Ligandos presentes en la proteína 2W22

presentados de color cian.

Por último, se identificaron los cofactores, como Zinc

(Zn2+), representado en color magenta, y el Calcio
(Ca2+) representado en color naranja, como se ilustra en
la Figura 4.

Figura 6. Aminoácidos neutros polares de color

amarillo.

Seguidamente, se representaron los aminoácidos de

cadena lateral hidrofóbica en color café, como se
ilustra en la Figura 7.

2
Figura 7. Aminoácidos de cadena hidrofóbica
representados de color café.
Figura 10. Interacciones intramoleculares de la
Finalmente, se presentaron los aminoácidos β-lámina de color azul.
pertenecientes a la familia de las cisteínas en color
violeta, como se ilustra en la Figura 8.
➢​ Análisis de distancias de interacciones con la
tríada catalítica.

Se identificaron las interacciones intermoleculares de

enlace de hidrógeno entre el sitio activo de la proteína
y los ligandos, específicamente con una de las
moléculas de EGC (Tritón X-100), representadas
mediante lineas punteadas de color amarillo en la
Figura 11. Se observa que la distancia de interacción
entre el EGC y el residuo Q-115 es de 3.5 Å, la
interacción con el residuo R-17 es 2.9 Å y la
Figura 8. Cisteínas. interacción con el residuo S-114 es de 2.6 Å.

➢​ Interacciones intramoleculares.

Se representaron las interacciones de enlaces de

hidrógeno intramolecular en la hélice alfa mediante
líneas punteadas de color rojo, como se ilustra en la
Figura 9.

Figura 11. Distancias de las interacciones de enlaces

de hidrógeno con la tríada catalítica.

➢​ Determinación de propiedades.

Finalmente, se determinaron las características

estructurales y moleculares de la proteína, como el
peso molecular, la carga, el área superficial y el número
de átomos, utilizando la herramienta PyMOL. Los
Figura 9. Interacciones intermoleculares de las α resultados se presentan en la Tabla 1.
-hélices de color cian.
Tabla 1. Propiedades estructurales y moleculares de la
Del mismo modo, se representaron las interacciones de proteína.
enlaces de hidrógeno intramolecular, que dan lugar a Número de átomos 3119
las estructuras de β-lámina, representadas en color azul, Carga formal 0
como se ilustra en la Figura 10. Carga parcial 0
Área superficial [Å] 39004.449
Peso molecular [u] 41130.4006

3
A continuación , se midieron los ángulos de enlaces empleado para la cristalización, en dicho estudio se
peptídicos dentro de las estructuras secundarias de la emplearon como co-cristalizadores dos moléculas de
proteína a partir de los residuos Y265, L266 y S267 de detergente Tritón X-100 las cuales se encuentran en el
la β-lámina, Figura 12. sitio activo de la lipasa. 1

Se observó que la proteína 2W22 contiene 389 residuos

y consiste en un pliegue irregular de hidrolasas (α/β)
formada por una β-lámina de siete hebras (β3-β9)
rodeada de α-hélices; 1 debido a que posee un alto
contenido de α-hélices y β-láminas, se puede afirmar
que pertenece al grupo de proteínas globulares. Estas
proteínas suelen tener una estructura compacta y
esférica, con los segmentos hidrofóbicos generalmente
orientados hacia el interior y las regiones hidrofílicas
(a) (b) expuestas al solvente, tal como se muestra en la figura
Figura 12. β-lámina (a) Angulo Φ, (b) Angulo Ψ. 1. 2

Por último, se determinaron los ángulos para los Por otro lado, al realizar una visualización de la
residuos de Y377, L378 y R379 de la α-hélice, Figura proteína con las moléculas de agua (531 moléculas de
13. agua hacen parte de la estructura cristalina) y sin
moléculas de agua, nos indica que hay diferencias en la
estabilidad estructural de la proteína 2W22. Si hay
presencia de agua, la red de enlaces de hidrógeno se
mantiene, lo que ayuda a estabilizar la conformación de
la proteína y a preservar las interacciones entre los
residuos, cofactores y ligandos. En ausencia de agua, la
estabilidad puede verse comprometida debido a la
pérdida de estas interacciones, lo que podría provocar
ligeros cambios conformacionales o incluso afectar la
(a) función enzimática si los residuos clave no se
encuentran en la orientación óptima para la catálisis o
la unión de sustratos.

Se observan los extremos N-terminal y C-terminal de

la proteína 2W22 en la figura 2. El segundo
aminoácido en la cadena polipeptídica es la alanina
(Ala), mientras que el último es la prolina (Pro). El
primer aminoácido, representado por la letra M,
corresponde a la metionina (Met), es un residuo crucial
en la síntesis de proteínas, ya que marca el inicio de la
cadena polipeptídica. Durante la traducción, el codón
(b) de inicio AUG en el ARNm codifica para la metionina,
Figura 13. α-hélice (a) Angulo Φ, (b) Angulo Ψ. lo que significa que todas las proteínas que comienzan
con este codón tienen metionina en su extremo
N-terminal. 3 Sin embargo, en la estructura de la
IV.​ Discusión proteína 2W22, no se observa la metionina inicial. Esto
se debe a que, en muchos casos, la metionina
El análisis estructural de la proteína es fundamental N-terminal es eliminada posteriormente mediante un
para comprender su función biológica, estabilidad y proceso conocido como excisión de la metionina
posibles aplicaciones en biotecnología y medicina. En N-terminal (NME), en el que participan enzimas
esta práctica, se empleó el programa PyMOL para llamadas metionina aminopeptidasas (MAPs). Estas
visualizar y caracterizar la estructura de la proteína enzimas reconocen y eliminan la metionina inicial,
2W22, una hidrolasa BTL2 de Geobacillus especialmente cuando el segundo aminoácido en la
thermocatenulatu cuya estructura fue determinada por secuencia tiene una cadena lateral pequeña, como la
cristalografía de rayos X por Carrasco-Lopez et al., alanina, glicina o serina, y es menos probable que
2009, esta técnica permitió obtener la estructura ocurra si la cadena lateral es más larga, como en el caso
cristalina de la lipasa en una conformación abierta, de la valina o la treonina. 4 En algunos casos, la
proporcionando detalles sobre las reestructuraciones y metionina no desempeña un papel funcional en la
el mecanismo de activación. 1 En cuanto al método
4
proteína, y su eliminación puede ser crucial para Otro de los factores que aportan a la estabilidad y
exponer el extremo N-terminal. flexibilidad en las α-hélices de las proteínas son los
ángulos diédricos o de torsión Φ, φ y ω, Figura 14.
Además, la tríada catalítica (figura 2) es un conjunto de
tres residuos que son los S-114, H-359 y D-318 son
fundamentales para maximizar la eficiencia del
mecanismo enzimático al facilitar la ruptura del enlace
sustrato y funciona mediante un mecanismo
cooperativo de transferencia de protones, donde cada
residuo tiene un papel fundamental.1 La S-114 (Serina)
actúa como un nucleófilo, su grupo es -OH el cual
ataca el carbono del grupo sustrato, formando un
intermedio covalente. La H-359 (Histidina) funciona
como base y ácido, el cual acepta un protón de la
serina, por lo que este la activa como nucleófilo, y Figura 14. Cadena de dos aminoácidos con los tres
luego transfiere protones en el ciclo catalítico. El ángulos de diédricos o de torsión phi (Φ), psi (Ψ) y
D-318 (Ácido aspártico) estabiliza la histidina a través omega (ω). 6
de enlaces de hidrógeno, permitiendo actuar
correctamente en la transferencia de protones.5 Los ángulos de enlace θ, definidos por la unión de cada
tres átomos en la cadena principal, y los ángulos
En la figura 3, se identifican dos tipos principales de diedros Φ, Ψ y ω; en donde Φ da la posición de C
ligandos: MPD (2-metil-2,4-pentanodiol) y EGC relativa a los tres átomos previos en la cadena principal
(epigalocatequina) de color cian. El MPD, junto con los cuales son C-N-Cα , Ψ da la posición de N relativa a
sus variantes (MPD-405, MPD-406 y MPD-407), es un los tres previos átomos de la cadena principal N-Cα-C y
agente de cristalización ampliamente usado en estudios ω da la posición del Cα relativa a los primeros tres
estructurales de proteínas, donde su función principal átomos previos de la cadena principal. 7
es favorecer la estabilidad conformacional al reducir la
flexibilidad estructural de la proteína 2W22, facilitando En la estructura polipeptídica, una α-hélice rota
su cristalización e interacción a través de puentes de alrededor de cada carbono α con un ángulo Φ ≃ -57° y
hidrógeno con residuos de aminoácidos, no obstante con un Ψ ≃ -47°. 8 Si los ángulos se desvían demasiado
con la proteína 2W22 no hay interacción por puentes de los valores típicos, esto puede resultar en una
de hidrógeno. Por otro lado, la epigalocatequina disminución de la rigidez de la hélice, afectando su
(EGC) y sus variantes (EG-403 y EGC-404) tienen una estabilidad en condiciones extremas, como alta
función más activa en la modulación de la estabilidad y temperatura o presencia de detergentes; en él caso de la
potencial actividad enzimática de 2W22.1 Los lipasa 2W22, que se activa en condiciones extremas,
polifenoles como el EGC poseen múltiples grupos mantener una estructura α-hélice estable es esencial
hidroxilo capaces de formar enlaces de hidrógeno con para su actividad, por otro lado, la interacción con
residuos polares de la proteína, tal como sucede con el lípidos y la presencia de detergentes como Tritón
ligando EGC-403, que forma unos enlaces de X-100 pueden influir en la conformación de los
hidrógeno con los residuos Q-115 a una distancia de ángulos Φ y Ψ, estos factores externos pueden
3.5 Å, otra interacción ocurre con el residuo R-17 a promover la apertura o cierre de la hélice, afectando así
2.9Å y también con el residuo S-114 a 2.6 Å de su estabilidad y, por ende, la actividad enzimática. 1
longitud, tal como se muestra en la figura 11.
Con respecto a la actividad biológica de la proteína
En cuanto a los cofactores metálicos (figura 4), el Zn²⁺ 2W22 de Geobacillus thermocatenulatus, esta tiene la
se coordina con varios residuos dentro de la estructura función de catalizar la hidrólisis de triacilgliceroles, los
de la lipasa, de manera que se forman enlaces de cuales son grasas complejas; específicamente, esta
coordinación con los residuos His-82 y His-88, así lipasa es un tipo de enzima que actúa sobre enlaces
como con las Asp-62 y Asp-239. Esta coordinación es éster de los triacilgliceroles, favoreciendo su
vital para la estabilidad estructural de la enzima y su descomposición en ácidos grasos y glicerol. Además, la
funcionalidad, adicionalmente el Ca2+ forma enlaces de lipasa es versátil y puede catalizar reacciones de
hidrógeno con ciertas regiones estructurales. 1 La síntesis y transesterificación, lo que la hace útil en
presencia de estos cofactores puede influir en la aplicaciones biotecnológicas, incluido la resolución de
conformación general de la lipasa y, por lo tanto, en su mezclas racémicas y la producción de ésteres. 1
actividad enzimática; en cuanto a la proteína 2W22, la
vinculación del Zn²⁺ en particular, es esencial para En las figuras 12 y 13, se observa que los ángulos Φ y
mantener la estructura activa de la enzima. Ψ concuerdan con los esperados por el gráfico de

5
Ramachandran para los casos de α-hélice y β-lámina, V.​ Conclusiones
Figura 15.
Mediante el uso de PyMOL fue posible conocer las
estructuras secundarias de la proteína 2W22, se
determinaron los tipos y cantidades de cofactores
presentes en ella, entre ellos 531 moléculas de agua, 3
MPD, 2 EGC, un ion de Ca2+ y un ion de Zn2+,
adicionalmente se comprendió su importancia y como
afectan la estructura de la proteína y sus propiedades
fisicoquímicas.

Se demostró que la proteína 2W22 se clasifica como

una proteína globular debido a que está conformada
principalmente por α-hélices y β-láminas, además se
comprobó que su estabilidad estructural depende en
gran medida de la presencia de agua y los puentes de
hidrógeno presentes.

Se identificó la tríada catalítica de la proteína 2W22,

(a) compuesta por Serina-114 (S-114), Histidina-359
(H-359) y Aspártico-318 (D-318), la cual es esencial
para su mecanismo de catálisis mediante transferencia
de protones.

Por último, se reconocieron en el sitio activo los

ligandos MPD y EGC, además se comprobó la
importancia de los cofactores metálicos Ca2+ y Zn2+ y
como juegan un papel importante en la estabilización
estructural y funcional de la enzima.

VI.​ Referencias

(1)​ Carrasco-López, C.; Godoy, C.; Rivas, B. de las;

Fernández-Lorente, G.; Palomo, J. M.; Guisán, J.
(b) M.; Fernández-Lafuente, R.; Martínez-Ripoll, M.;
Figura 15. Gráfico de Ramachandran, (a) Casos Hermoso, J. A. Activation of Bacterial
generales, (b) Muestra dos regiones centrales (azul) y Thermoalkalophilic Lipases Is Spurred by
tres regiones permitidas (verde).9 Dramatic Structural Rearrangements *. J. Biol.
Chem. 2009, 284 (7), 4365–4372.
Es importante mencionar que empleó PyMOL para la [Link]
visualización de la proteína, sin embargo, existen otros (2)​ H, C., L. E. Hart,; Hart, D. J, H., C. M. Química
programas con funcionalidades similares que pueden Orgánica, 12th ed.; McGraw-Hill Education:
ser útiles según la necesidad del usuario. Por ejemplo, España, 2021.
ChimeraX y Chimera permiten un análisis estructural (3)​ Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Morgan, D.;
más avanzado, mientras que VMD es ideal para Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. Molecular Biology
estudios de dinámica molecular. Para opciones más of the Cell, 6th ed.; Garland Science, 2014; Vol.
ligeras, RasMol y Jmol son adecuados en enseñanza, y pp. 347, 348.
herramientas como MOE o BIOVIA Discovery Studio (4)​ Frottin, F.; Martinez, A.; Peyton, P.; Mitra, S.;
ofrecen capacidades especializadas en modelado Holz, R. C.; Giglione, C.; Meinnel, T. Molecular &
molecular y diseño de fármacos. La elección del Cellular Proteomics. Proteomics N-Termin.
software depende de los objetivos específicos del Methionine Cleavage 2006, 5 (12), 2336–2349.
análisis. 10,11,12 [Link]
0.
(5)​ Mathews, C. K.; Holde, K. E. V.; Ahern, K. G.
Bioquímica; Pearson Educación, 2002; Vol. pp.
419.
(6)​ Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.;

6
 Sasisekharan, V. Stereochemistry of Polypeptide
Chain Configurations. J. Mol. Biol. 1963, 7 (1),
95–99.
[Link]
3-6.
(7)​ García Blanquel, E.; García Blanquel, C.;
Luna-García, R. Hybrid Evolutionary Algorithm
for Molecular Geometric Optimization. Comput.
Sist. 2019, 23 (2), 569–582.
[Link]
(8)​ Berg, J. M.; Stryer, L.; Tymoczko, J. L. Bioquímica,
5th ed.; Reverte: Barcelona, 2007; Vol. pp 56, 57.
(9)​ Image:Ramachandran general-case data and
contours T8000 [Link] - Proteopedia, life in
3D.
[Link]
:Ramachandran_general-case_data_and_contour
s_T8000_small.jpg (accessed 2025-03-02).
(10)Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.;
Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.;
Ferrin, T. E. UCSF Chimera—A Visualization
System for Exploratory Research and Analysis. J.
Comput. Chem. 2004, 25 (13), 1605–1612.
[Link]
(11)Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. VMD:
Visual Molecular Dynamics. J. Mol. Graph. 1996,
14 (1), 33–38, 27–28.
[Link]
-5.
(12)Chemical Computing Group (CCG) |
Computer-Aided Molecular Design. Molecular
Operating Environment (MOE).
[Link]
(accessed 2025-03-02).