Dostie_SupplementalTable3.
Primer position Primer EcoRI fragment position
Name Sequence (5'-3') start end Modification start end
1. Beta-globin locus (ENm009) Chromosome 11
FOR131 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGAAAATCCAGTGAGAAGAAAGGAAGAA 5178427 5178453 - 5175467 5178450
FOR132 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTATTACACATATTTTAAGTTGTCCTCTGAAAATTCTAGAA 5184133 5184172 - 5178451 5184169
FOR133 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCATTTCTAAATCTGTGGATTTTTAGAA 5185398 5185423 - 5184170 5185420
* FOR134 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGAATGGTACCAGCTCCTCCTTGTACCTCTGGTAGAA 5196360 5196395 - 5185421 5196392
* FOR135 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCTTTTCTTTGACTAGGAAAGGGAA 5199688 5199711 - 5196393 5199708
FOR136 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCAGCCTGCACTGGTGGGGTGAA 5203460 5203481 - 5199709 5203478
FOR137 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCACATGTCCCATCCAGGTGATGTTCTCATGAA 5209006 5209036 - 5203479 5209033
FOR138 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCATAGGCAGCCTGCATTTGTGGGGTGAA 5210821 5210847 - 5209034 5210844
FOR139 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCCAGTAGTTTTTCACTCTTTTCTGAA 5213133 5213158 - 5210845 5213155
FOR140 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCTCTCCACAATTCTAATCTCAGTTCACTGCTGTTTGAA 5216272 5216309 - 5213156 5216306
FOR141 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCCCATCTTTCCATCAGCCAACCAGGAA 5223308 5223334 - 5216307 5223331
FOR142 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCCTAATAAAATAGAATTGCTACACCTGACTAAACCTTGAA 5225648 5225687 - 5223332 5225684
FOR143 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAGGAAGCCTGCACCTCAGGGGTGAA 5226218 5226242 - 5225685 5226239
5231136 5231160 5229577 5231157
FOR144 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCTCTAACCTTGCTAGATTATAATGCCAGAAGCTCTGGAA 5228845 5228884 - 5226240 5228881
FOR145 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAAGTACGTTGAAGAAAAAATAGAA 5229556 5229579 - 5228882 5229576
* FOR147 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTTTTCAGAAAAACAAATGCTGAGAGAA 5238117 5238144 - 5231158 5238141
* FOR148 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGCTCCACTTAAAAGATACAGAATTGCAGAATGAATAAGAA 5238366 5238405 - 5238142 5238402
FOR149 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCAAACATCACAAAAGCAATGGAGAAAGAA 5239908 5239936 - 5238403 5239933
* FOR150 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTACATGCATAAACTAGAAAACCTAAAGGAGACGTTCGAA 5241631 5241670 - 5239934 5241667
* FOR151 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAAGTCCAGGACCAGATAGATTCACAGCTGAA 5241783 5241813 - 5241668 5241810
FOR152 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCTCCATCATATCATCCTCCTTGGAATCCTGGAA 5245958 5246000 - 5241811 5245997
FOR153 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCATTGGCTAACACAGACAAAACCAGGAA 5249731 5249758 - 5245998 5249755
FOR154 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAGGGAAAATGGTAGATAAGTCAGAGAACAATCAGACAGAA 5256251 5256290 - 5249756 5256287
REV155 TTCTATCCTTCTTATTCAATTCTACACATGGAGGAAAAACTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 5256774 5256813 5'-Phos 5256288 5256810
REV156 TTCTAATCTCCCTCTCAACCCTACAGTCATCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 5267205 5267233 5'-Phos 5256811 5267230
REV157 TTCCTGACCTCCAAAAGTGATCAAGATATTTTTAGTTCAGTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 5270555 5270594 5'-Phos 5267231 5270591
FOR158 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTAGCCTAAGATCACGCAACTAATATGTGTCATAAAGGAA 5283606 5283639 - 5270592 5283636
FOR160 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTTGTTTAGTTTTGAAATAGAATGTTAATGTTTTATGGAA 5293985 5294024 - 5285015 5294021
FOR162 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAGTGCAGGTAAGATTTGAGATCTTACATTTAAGTTTTGAA 5296467 5296506 - 5295808 5296503
FOR169 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGTTTGTTAGTCCACTGGACCACTCTGAA 5317120 5317147 - 5310461 5317144
FOR170 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCTTCTAAACTGTTACCCTTAACTATGCAGATTTTAAAGAA 5321627 5321666 - 5317145 5321663
FOR177 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCTTCCCTTGGGCTTTTGGGAATGAA 5332033 5332058 - 5329232 5332055
FOR178 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAACCAAATGTGTCAATAATCATGCTTGTAATAACCTTGAA 5342874 5342913 - 5332056 5342910
FOR179 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCCATTTTTTGTTTCCTTTTAGAA 5357553 5357576 - 5342911 5357573
FOR180 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTTCACTTTTAGTAATGGATTTAGATTCTTTAATAATGAA 5359059 5359098 - 5357574 5359095
FOR182 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAATTAAAAAAGAGACAGTCATGGTTTATGTCCACAAGGAA 5366046 5366085 - 5363370 5366082
FOR186 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGTGAAATGTATTACATTGTCTTCAGTTATTGCTCTCTGAA 5381722 5381761 - 5377146 5381758
FOR189 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAGCACTATTTCAAGAGATAATGGTTGAGAA 5387542 5387571 - 5383964 5387568
FOR194 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCACAGTTCCTACCTTGCTAGAGTTTTTCAGTATTCAGAA 5401631 5401670 - 5397167 5401667
FOR198 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCTGTGCTCAGAACCCACAGTCTAGATCCCTGAA 5415053 5415085 - 5408494 5415082
FOR205 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCTTGTCCTCCAGCAAGTGCAACTGTTAGAA 5431212 5431242 - 5427609 5431239
FOR213 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTGAGAAAAATAAGTCTGCCTTCTTAGAA 5451749 5451776 - 5445754 5451773
FOR215 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGATATTAGCCTCATTTGAAAGAGATAGGAA 5464825 5464854 - 5453801 5464851
FOR217 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAAGGTTTGGAATGAATTTGAGTCTGAA 5467817 5467843 - 5465402 5467840
FOR218 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCTCTTTCCTTTTAGTTATAAGGTTATCCCTTATTAAGAA 5468278 5468317 - 5467841 5468314
FOR219 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCCCAATTCCATAGCACATCTCCAGAACCAGAA 5469969 5469999 - 5468315 5469996
FOR220 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCACACACACTCACTCACACACATTTTCTTGTATATGTAGAA 5470046 5470085 - 5469997 5470082
* FOR221 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGAGGAAAGGAAAGAGAGGAGAAGGAA 5474876 5474901 - 5470083 5474898
FOR222 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGCAGGGCAGTGAGTAAAACTCTTTTGCTCATATTGAA 5484519 5484555 - 5474899 5484552
FOR223 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTTCTGTCTTATTCAACATTAACCATGAA 5488064 5488092 - 5484553 5488089
FOR224 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCATGATGATAACTATTCATCCGGACTTGGTTAATATGTGAA 5491642 5491681 - 5488090 5491678
FOR225 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTTCTGAGGATTCAGCATATAGTGAACTATGAA 5506163 5506195 - 5491679 5506192
FOR226 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTATCATTATTATCATTAGCAGTGTTCTATCACTCCTTGAA 5510147 5510186 - 5506193 5510183
FOR227 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTAGGGTGTAACTGGTCTTGGCTGAGGAA 5511062 5511089 - 5510184 5511086
FOR230 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTTCCCACAACAGCTACAATGTAGATGATACAGAAGGGAA 5523181 5523220 - 5518465 5523217
FOR233 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTAACTGCTTCAACTCACTGTGAGATGCCAAGAA 5531019 5531051 - 5525108 5531048
FOR237 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCATCACTCCCTTTAATAACAAAATGAA 5535866 5535893 - 5532780 5535890
FOR241 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCAGCGTCACAATCAGACTATTACATTTAGAA 5548732 5548763 - 5545329 5548760
2. Gene desert region (ENr313) Chromosome 16
GDFOR001 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTTATGGGCAATTCCCATAAAGGGAA 60845555 60845580 - 60833950 60845577
GDREV002 TTCTTCAAGTTTAAGTTTCCTGTTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60849095 60849118 5'-Phos 60845578 60849115
* GDFOR003 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCACTTTACCCTATGGACTTGCCCTGAA 60851214 60851241 - 60849116 60851238
GDREV004 TTCCATAAGACATCATGAATTGTTTTTCTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60851766 60851794 5'-Phos 60851239 60851791
GDFOR005 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTATGGTCACTATAACCTCAGCTATTTAGAA 60855909 60855938 - 60851792 60855935
* GDREV006 TTCAGTATGATGTTGGCTGTGGACTTGTCATAATCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60858502 60858534 5'-Phos 60855936 60858531
GDFOR007 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCAACGTAGTTTGAAGGTTGAGTGAGAA 60866944 60866971 - 60858532 60866968
GDREV008 TTCAAATATTAGCTTTTTTAGCAGGCTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60873850 60873876 5'-Phos 60866969 60873873
GDFOR009 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCTGGGTCTGGCTTCATTCTCTGATGGAGAA 60876630 60876660 - 60873874 60876657
GDREV010 TTCTATTGTCTCTGCATTGATTGGAAAGTTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60877663 60877692 5'-Phos 60876658 60877689
GDFOR011 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTTACCTAGCAATCTGACAAATAGTAGGAA 60880001 60880029 - 60877690 60880026
GDREV012 TTCTATTCACTTTATTAAGGTTGTGGTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60880385 60880410 5'-Phos 60880027 60880407
GDFOR013 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCAAGCATACAGCATTACAAGTAAAATGGAA 60882444 60882472 - 60880408 60882469
GDREV014 TTCTATAAAGTTAATTAATCACTATTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60891170 60891195 5'-Phos 60882470 60891192
GDFOR015 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGTTACATAACAACTAGATGTAATGATGGAA 60894533 60894562 - 60891193 60894559
GDREV016 TTCTAGTTCAGGAGAATAAAAGTTATATCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60894683 60894709 5'-Phos 60894560 60894706
GDFOR017 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCGCCCCAAAAGCAGTGGAAGGGGAA 60905463 60905486 - 60894707 60905483
GDREV018 TTCTACCGTGGGCATAGAGGAAGGGCCTCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60908394 60908420 5'-Phos 60905484 60908417
GDFOR019 CTGTCCAACTAATACGACTCACTATAGCCTCAAAGAGCTGAAACAATTGTCTTCCAGAA 60908658 60908687 - 60908418 60908684
* GDREV020 TTCCACTTATTTATTATAATTATTTATCCCTTTAGTGAGGGTTAATAGTCGGACTC 60908781 60908806 5'-Phos 60908685 60908803